第二季中，华生医生在福尔摩斯失踪后独自接手贝克街事务所，却陷入一场针对伦敦精英的连环失踪案。每名受害者失踪前都收到一封神秘邀请函，华生发现这些案件与福尔摩斯过去的某个案件有关。为了寻找真相，他不得不与宿敌莫里亚蒂的残余势力合作，同时面对警方的不信任。在一次惊险的追捕中，华生发现了福尔摩斯留下的暗号，指引他找到地下迷宫中的关键证据。最终，华生揭露了幕后黑手——一个妄想改造社会的疯狂科学家，并解救了所有受害者。但结尾处，一个与福尔摩斯极为相似的身影出现在人群中，留下巨大悬念。