本片以灰原哀的视角重新剪辑，串联起《神秘列车》系列核心剧情。黑衣组织成员波本、贝尔摩德、琴酒等人登上列车，目标直指雪莉。灰原与柯南联手，在阿笠博士、世良真纯等协助下周旋。列车驶过黑暗隧道时，工藤新一意外现身，实则柯南利用变声器与麻醉枪策划的假象。最终，灰原假死骗过组织，但暗中仍有神秘列车上的诡计未完全揭晓。故事融合了雪莉的过去、宫野明美的保护与灰原内心的挣扎，经典场景重新编排，情感冲击力更强。本片适合柯南粉重温红色天狗传说与列车谜题，同时揭示灰原哀从逃避到直面命运的成长轨迹。