继前作之后，MIB再次面临前所未有的危机。一名神秘外星人潜入地球，企图利用隐藏在城市地下的远古能量装置毁灭人类。J探员和K探员再度联手，却发现新探员M有着不为人知的秘密。随着调查深入，他们发现外星人竟与MIB内部叛徒勾结，而能量装置一旦启动，将引发全球灾难。在紧张刺激的追逐与智斗中，J探员凭借机智与勇气，最终阻止了阴谋，但代价是K探员牺牲了自己。影片延续了黑衣人系列的幽默与科幻元素，以震撼的视觉效果和感人结局，向经典致敬。