萌学园再次遭遇暗黑势力的入侵，暗黑大帝企图利用黑暗力量吞噬整个宇宙。奈亚公主、谜亚星等萌骑士挺身而出，他们必须穿越时空，寻找传说中的圣战神器，才能阻止这场浩劫。然而，暗黑大帝设下重重陷阱，甚至操控了萌学园的同伴。在友情与信念的考验下，萌骑士们逐渐觉醒更强大的魔法力量，最终在圣战中与暗黑大帝展开惊天对决，守护了宇宙的和平。