地球遭遇地底人入侵，他们释放出巨大的怪兽美加洛，企图毁灭人类文明。哥斯拉感应到威胁，从海洋中现身迎战。与此同时，人类科学家秘密研发的巨型机器人杰哥也加入战斗，与哥斯拉形成临时联盟。美加洛拥有强大的钻地能力和激光射线，让哥斯拉一度陷入苦战。但在杰哥的协助下，哥斯拉找到美加洛的弱点，最终以必杀技击溃怪兽。地底人计划破灭，哥斯拉重返深海，留下人类反思科技与自然的平衡。