在繁华的东京，一场神秘的暗变事件突然爆发，普通人开始觉醒各种超能力，城市陷入混乱。高中生小林瞬偶然发现自己拥有操控时间的能力，然而政府的秘密组织“暗影”却在暗中猎捕觉醒者，企图利用他们的力量控制世界。瞬与伙伴们一起对抗暗影，揭开东京暗变的真相——原来这是一场由疯狂科学家引发的实验，旨在创造超级战士。在最后的决战中，瞬牺牲自己，逆转时间，拯救了所有人，但代价是失去所有记忆。东京恢复了宁静，但暗变的阴影仍潜伏在暗处，等待下一次爆发。